Tag Archives: workshop

TangloppeTorsdag: IceAGE-amfipoder i de polske skoger

img_2610Sommeren for 26 år siden begynte en 13 år lang utforskning av biologien på havbunnen rundt Island – BioICE. Sammen med de to norske havbunnsforskerne Torleiv Brattegard (Universitetet i Bergen) og Jon-Arne Sneli (fra det som nå heter Norges Teknisk-Naturvitenskapelige Universitet) var tre islandske forskere (Jörundur Svavarsson og Guðmundur V. Helgasson fra Universitetet på Island og Guðmundur Guðmundsson fra det islandske Naturhistoriske Museet) – og etterhvert fulgte mange studenter med både til havs og på land, – i alt ble det 19 tokt og en hel masse havbunnsdyr og veldig mange fine artikler og mye vitenskap.

Selv om mye arbeid ble gjort med forskning på arvestoff (DNA) for 25 år siden, var det ikke tradisjon for å ta vare på havbunnsprøver på en sånn måte at de kunne brukes i denne forskningen. Det aller meste av forskningen foregikk på morfologi (utseendet) til de forskjellige dyrene, og det er ofte lettere å studere utseendet på mange virvelløse havdyr hvis de har blitt bevart på formalin. Ting som skal brukes til DNA-undersøkelser må være oppbevart slik at DNA-strengene inne i cellene ikke blir ødelagt, og vi bruker ofte etanol (sprit) til dette. Problemet med å oppbevare evertebrater i sprit, er at de ofte blir sprø og knekker, eller de krymper til en skrukk vi ikke kan se noe særlig utseende på. Noen dyr som muslinger lukker seg sammen og slipper ikke inn noe sprit, og så råtner de bare inni der de myke delene er. Amfipoder og andre krepsdyr er blant de som blir sprø og knekker – og veldig lite er mindre morsomt enn å prøve å identifisere en amfipode uten antenner og bein.


Men, DNA-undersøkelser kan gi veldig mange spennende resultater, og det kan hjelpe oss til å stille spørsmål vi ofte ikke visste at vi lurte på. Dette gjelder både når vi undersøker hva som egentlig er samme arten, og hvis vi vil undersøke historien til utbredelsen av en art, for eksempel.

Dette var en av bakgrunnene for at et nytt prosjekt som skulle undersøke Islands bunndyrsfauna ble startet. Det nye prosjektet – IceAGE – er ledet av forskere fra Universitetet i Hamburg, og har med en større internasjonal gruppe havbunnsforskere. Universitetet på Island og Universitetet i Bergen har vært med fra starten, som vi var i BioICE.

Teori-gruppen på workshopen. Foto: Christian Bomholt (www.instagram.com/mcb_pictures)

Teori-gruppen på workshopen. Foto: Christian Bomholt (www.instagram.com/mcb_pictures)

Til nå har det vært 2 IceAGE-tokt – et i 2011 og et i 2013. Vi håper det skal bli flere, men det er allerede mye materiale å jobbe med. Denne uken har vi hatt workshop for IceAGE. Noen har jobbet med tekniske og teoretiske detaljer til rapportering og artikler. 10 av oss har jobbet med å identifisere amfipoder.

Deltagerne på workshopen. Foto: Christian Bomholt (www.instagram.com/mcb_pictures)

Deltagerne på workshopen. Foto: Christian Bomholt (www.instagram.com/mcb_pictures)

Workshopen er organisert av den polske delen av IceAGE – og siden de hører til universitetet i Łodz, sitter vi på feltstasjonen deres i Spała – midt i en stor skog der det ryktes at det er bison og bever (vi har ikke sett noen, men vi har sett beverdammen). Der har vi sittet siden mandag – og det er kjempeflott å sitte tett sammen og jobbe med nesten de samme dyrene. Det er alltid noen rundt  deg som har et lurt triks for å identifisere en spesiell gruppe, og alle har sine favorittgrupper som de gjerne lærer bort til de andre som er der. Ofte ropes det “kom hit og se det stilige dyret jeg har under lupen”, og vi har alle fått se arter og grupper vi ikke har sett før, bare lest om. Innimellom alt vi har litteratur til å identifisere finner vi også ting som gir oss større problemer, og vi har en liten boks med arter vi tror ikke har vært beskrevet tidligere.


Amfipodegjengen denne gangen har kommet fra Australia, Storbritannia, Canada, Tyskland, Spania, Polen og Norge. Vi har kjent hverandre lenge, og innimellom all amfipodepraten blir det både historier om andre amfipodevenner, vennskapelig kappestrid om hvem som kan spise mest sjokolade, ville planer om “den aller beste tangloppeferien vi kunne ha laget sammen” og – når noen har en spesielt fin prøve under lupen kanskje til og med litt sang eller i alle fall lykkelig nynning. Av og til har det også vært noen frustrerte utbrudd – for siden vi denne gangen ser på dyr som bare har vært oppbevart i sprit, knekker de hvis du ser strengt på dem, og ingen har noe særlig farge (spriten trekker ut fargen de har mens de lever).

 

Isopodeforskerne Marina og Jörundur kom på besøk til amfipodefolkene. Foto: AH Tandberg

Isopodeforskerne Marina og Jörundur kom på besøk til amfipodefolkene. Foto: AH Tandberg

Prøvene fra IceAGE kommer fra et geografisk område som grenser opp til de norske farvannene NorAmph prosjektet fokuserer på, og det er derfor spesielt fint å kunne samarbeide prosjektene mellom. Akkurat nå plukker vi derfor ut prøver av amfipoder fra familien Eusiridae til DNA-strekkoding, sånn at vi kan sammenligne dem med DNA-strekkodene vi har levert til NorBOL fra den samme familien. Hvorfor Eusiride? En plass må man jo starte, og Eusiridene er fine amfipoder. Det skal nok komme en egen blogg om dem om ikke så alt for lenge – men Eusirus holmii er en av dem…

God påske fra tangloppene og alle tangloppologene!

Anne Helene


Litteratur:

Brix S (2014) The IceAGE project – a follow up of BIOICE. Polish Polar Research 35, 1-10

Dauvin J−C, Alizier S, Weppe A, Guðmundsson G (2012) Diversity and zoogeography of Ice−
landic deep−sea Ampeliscidae (Crustacea: Amphipoda). Deep Sea Research Part I: 68: 12–23.

Svavarsson J (1994) Rannsóknir á hryggleysingjum botns umhverfis Ísland. Íslendingar og hafiđ.
Vísindafélag Íslendinga, Ráđstefnurit 4: 59–74.
Svavarsson J, Strömberg J−O,  Brattegard T (1993) The deep−sea asellote (Isopoda,
Crustacea) fauna of the Northern Seas: species composition, distributional patterns and origin. Journal of Biogeography 20: 537–555.

TangloppeTorsdag: Sletvik feltuke del III – fersk-innsamling av amfipoder!

Marinogammarus stoerensis fra fjæra nær Sletvik feltstasjon. Foto: AHS Tandberg

Marinogammarus stoerensis fra fjæra nær Sletvik feltstasjon. Foto: AHS Tandberg

Det har sikkert ikke gått mange forbi at evertebratlaben var på Sletvik feltstasjon i forrige uke for å gjøre innsamlinger. Blant mange prosjekter vi samlet inn til, var amfipodeprosjektet NorAmph. Det meste materialet vi har tilgjengelig på Universitetsmuseet i Bergen kommer fra områdene rundt Bergen, fra Svalbard, og fra Mareano  sine innsamlinger i Nord-Norge. Områdene rundt Trondheimsfjorden er rike på marint liv – her møtes ofte nordlige og sørlige arter (relativt for Norge). Det er også en del kaldtvanns-korallrev rundt Trondheimsfjorden, og derfor en del korallgrus – som er et leveområde som gir helt egne artssammensetninger. I tillegg til samling i disse spennende havområdene samlet vi en hel del i fjæresonen. Det var derfor et stort potensiale for å få tak i materiale av arter vi ikke har hatt i samlingene fra før.

Eriopisa elongata, legg merke til den veldig lange 3 uropoden. Foto: K Kongshavn

Eriopisa elongata, legg merke til den veldig lange 3 uropoden. Foto: K Kongshavn

En bieffekt av å samle inn nytt materiale på en tur der alt materiale var ment for taksonomisk forskning, var de mange mulighetene til å observere (og fotografere) levende og uskadde dyr.  Ofte blir det slik at når vi samler inn amfipoder og putter dem rett på sprit, brekker de lange beina og antennene av, og det blir mye vanskeligere å kjenne dem igjen. Dette skjer spesielt når vi må bulk-fiksere prøver: da blir alt vi har samlet opp av sand, grus og dyr lagt på en bøtte som fylles opp med sprit – og så sorterer vi det når vi kommer hjem til laben og har bedre tid. Dette er en tøff behandling for mange dyr med tynt skall (eksoskjelett).

 

En art vi ofte har funnet i slike bulkfikserte prøver – men uten de lange, karakteristiske 3. par halebein (uropode 3) som gjør det superlett å identifisere den, er Eriopisa elongata (Bruzelius, 1859). Den fant vi også i prøvene fra Trondheimsleia – men nå levende og med alle bein intakt! Er den ikke fin?

Laetmatophilus tuberculatus fra fjæra nær Sletvik feltstasjon. Foto: AHS Tandberg

Laetmatophilus tuberculatus fra fjæra nær Sletvik feltstasjon. Foto: AHS Tandberg

Andre dyr vi ofte har i prøvene våre, men som vi sjelden har mulighet for å nyte i levende live, er Laetmatophilus tuberculatus Bruzelius, 1859. Nå kunne vi observere de fine fargeflekkene på den ellers nesten gjennomsiktige kroppen – det er også helt umulig å se når vi sitter med materiale som har ligget på sprit lenge – sprit tar bort mye av fargene fra dyrene våre.

 

 

I fjæresonen fant vi også flere arter av Caprellidae – spøkelseskreps. Dette er en gruppe det ikke alltid er så lett å samle, så turen til Sletvik var svært innbringende for NorAmph prosjektet. Ofte er det mange Caprellida sammen, og da kan man ende opp med en hel floke amfipoder.

Nå skal de fleste av dyrene vi samlet inn DNA-strekkodes som en del av NorBol prosjektet og så kan vi begynne å se om det er enda flere ting vi kan lære om de små, fine havbunnsdyrene våre.

Anne Helene

TangloppeTorsdag: En uke med amfipodene

Denne uken har vi samlet våre venner amfipodene og forskere på Espegrend Marinbiologiske Stasjon like utenfor Bergen. Planen var å se på så mange dyr fra så mange steder i norske farvann som mulig, og nå har vi kommet over 300 registreringer (en art fra en stasjon – det betyr ikke at det er 300 arter: noen arter finner vi på mange steder eller stasjoner). En annen del av planen var å være sammen med en del av de som jobber med amfipodetaksonomi i Europa – og det har vært hyggelige dager.

Apherusa sp. Denne arten lignet på to forskjellige Apherusa-arter, og vi håper at DNA-barcoding kan hjelpe oss med å finne ut av hvor den passer. Foto: K. Kongshavn

Apherusa sp. Denne arten lignet på to forskjellige Apherusa-arter, og vi håper at DNA-barcoding kan hjelpe oss med å finne ut av hvor den passer. Foto: K. Kongshavn

Når forskere ser på ting de kjenner – eller tror de kjenner – godt, er det av og til lett å tenke at vi vet hva vi ser på – uten å sjekke alle de allerminste detaljene. Da er det godt å kalibrere tenkingen litt – både med spørsmål fra de som ikke kjenner gruppene like godt, og med nye ideer fra kolleger vi ikke ser hver dag.

NorAmph prosjektet har som et av flere mål å arvestoff-strekkode så mange arter som mulig fra norske farvann. I løpet av snart en uke har vi kommet oss gjennom en hel del arter – og enda bedre: vi har satt spørsmålstegn ved en håndfull av disse. Her kan det bli ekstra spennende å se hva vi finner ut om arvestoffet: Hvis de ytre, utseendemessige kjennetegnene viser små forskjeller fra originalbeskrivelsene, kan det hende at det er muig å se forskjeller i arvestoffet også. Når vi går gjennom masse materiale, er det også stor sjanse for å finne arter vi ikke har fått DNA-barcodet enda i Norge.

Acanthonotozoma sinuatum. Dette er det første eksemplaret av denne arten vi har tatt ut til DNA-strekkoding i Norge. Foto: K. Kongshavn

Acanthonotozoma sinuatum. Dette er det første eksemplaret av denne arten vi har tatt ut til DNA-strekkoding i Norge. Foto: K. Kongshavn

Det har blitt lange dager, trette øyne og mye latter på Espegrend. Sånn er amfipode-forsker-livet: Hver gang vi møtes er det som å være på en familiegjenforening. Denne gangen har vi, ifølge den ene gjesteforskeren her, vært en liten kjernefamilie – “mor”, “far”, “onkel” og “de to yngre døtrene” – jeg vil kanskje si vi representerer tre forskningsgenerasjoner, og det gir ekstra muligheter til å lære av hverandre. Det gjelder både amfipode-informasjon, kakeoppskrifter og middagslaging.


En viktig del av prosjektet NorAmph er å overføre kunnskap fra taksonom-spesialistene til de som jobber med amfipoder daglig – for eksempel som en del av overvåknings- eller forurensingsstudier. Derfor er det ekstra jubel på Espegrend i dag og i morgen: nå har vi nerdetaksonomene fått besøk av faunistikerne fra institutter rundt i hele Norge. Vi ser sammen på amfipoder, diskuterer hvilke detaljer som er hjelpsomme å se nøye på, og hvilke som bare er vanskelige, vi sammenligner litteratur og lærer av hverandre. Ikke minst skal vi drikke kaffe og spise middag sammen – fortelle historier om både amfipoder og andre ting. Det er alltid mye lettere å be om faglig hjelp fra noen man kjenner litt enn fra en fremmed person som sikkert har masse viktig å gjøre – og etter to dager med prat og mat er planen at alle vi som har vært her ute er venner – i alle fall nok til å ha noen å be om hjelp fra…

Anne Helene

TangloppeTorsdag: hvordan finner vi ut hvilken tangloppe vi har?

Når vi finner en organisme vi ikke kjenner fra før, er det ofte vanskelig å finne ut hvilken art vi har funnet. Ofte kan det til og med være vanskelig bare å finne ut hvilken type organisme vi har. For å hjelpe oss med dette, har vi identifiseringsnøkler. Disse finnes i mange forskjellige utforminger: bildekart, trykte bøker, dataprogrammer og i de siste årene også mobile apper. Artsdatabanken har nylig lagt ut nylagete nøkler for en del grupper norske dyr, og det er planer om at det skal bli flere.

Bildenøkkel til amfipodegruppen Amphilochidae. Ill: AH Tandberg

Bildenøkkel til amfipodegruppen Amphilochidae. Ill: AH Tandberg

Hvis du vil finne ut hvilken amfipodeart du har funnet – under en stein, i fiskegarn, i et planktontrekk eller kanskje du har fått en liten prøve havbunn, finnes det en del slike nøkler å velge mellom. Problemet er at disse nøklene er skrevet for de som allerede er eksperter på amfipoder, men som kanskje ikke kjenner kjempegodt akkurat den delen av amfipodene nøkkelen handler om. Det er heller ingen nøkkel som tar for seg alle amfipodene – det ville være ganske upraktisk, med alle de artene vi kjenner til nå. Derfor er de fleste nøklene laget for små delgrupper av amfipodene – det kan være geografiske nøkler (en veldig god nøkkel for Middelhavet ble publisert i 1998), til familier av arter, eller til spesifikke landskapstyper (“Amfipoder i fjæra” er et kompendium som mange studenter er innom hvis de har feltkurs). For norske farvann er den nyeste nøkkelen som dekker de fleste amfipodene Stephensens nøkkel fra 1935. Det har skjedd mye siden den tid – mange nye arter er beskrevet og tidligere beskrevne arter har blitt funnet i våre farvann i ganske store antall fra andre verdenskrig og fram til nå.

Utdrag fra Stephensens (1935) nøkkel til norske amfipodefamilier

Utdrag fra Stephensens (1935) nøkkel til norske amfipodefamilier

De fleste nøklene til amfipoder er det vi kaller dikotome nøkler – man leser seg nedover en liste med spørsmål, og for hvert spørsmål kan man velge mellom to svar (dikotom – deler i to). Hvis man skjønner ordene og vet hva man skal se etter, er det nesten lett å bruke disse nøklene. Når man ikke skjønner alle spesialordene, eller ikke kjenner gruppen, kan det være som å lese et fremmed og ukjent språk. Dette gjør det vanskelig å begynne med amfipode-identifisering: de fleste studenter blir gjerne litt blanke i blikket de første ukene de prøver seg på å identifisere amfipoder. Nyere nøkler (de som har kommet de siste 20 årene) har av og til illustrasjoner av hvordan små deler av dyret skal se ut for å få det ene eller det andre svaret til hvert spørsmål.

 

Øvelse gjør mester – også når det handler om bruk av identifiseringsnøkler. Det hjelper også med nye nøkler av og til, og det er en av tingene prosjektet Norwegian Marine Amphipoda skal bidra med. Denne uken har jeg vært i Trondheim for å lære å lage interaktive nøkler – nøkler der brukeren kan velge hvilke spørsmål hun vil eller kan finne svar til istedenfor å følge en spesifikk rekkefølge som er skrevet i en trykt nøkkel.

Skjermbilde av interaktiv nøkkel. Her skal man klikke på det som ligner mest.

Skjermbilde av interaktiv nøkkel til en amfipodefamilie fra New Zealand. Her skal man klikke på det som ligner mest på det individet man undersøker.

Inntil den interaktive nøkkelen er ferdig, må vi nok bruke de gamle trykte nøklene. Det gjelder bare å ikke gi opp for tidlig med å forstå dem… Lykke til!

Anne Helene


Litteratur:

Ruffo S, Vader W 1998 The Amphipoda of the Mediterranean. Key to families. Mémoirs de l’Institut Océanographique, Monaco. 13. 845-867.

Stephensen K 1935 The amphipoda of Northern Norway and Spitsbergen with adjacent waters 3(1), 1-140

NorBOL-workshop 2015 (del 2)

Vevsprøvetaking
Vevsprøvetaking

 

Da er workshopen omme, og vi sier oss godt fornøyde!

Alle deltakerne gjorde en kjempeinnsats, og seks plater á 95 prøver ble produsert i løpet av et par hektiske dager. Sammen med ferdigstillelsen av noen prøveplater vi hadde «tjuvstartet» på ved UM så har vi nå 9 plater som er klare til innsending, samt et par som er på gang.

Behandling av data i BOLD-databasen

Behandling av data i BOLD-databasen

 

 

 

 

 

 

Vi begynte med et par introduksjonforedrag om metoder og om BOLD-databasen før vi gikk løs på den praktiske biten.

Fotografering av soppmygg med speilreflekskamera

Fotografering av soppmygg med speilreflekskamera

Arbeidet med en plate er ganske omfattende og innebærer alt i fra utvelgelse av ønskede prøver, dokumentering av disse (foto + utfylling av filer), opplasting av data til BOLD, til selve vevsprøvetakingen. (Foreløpig) siste post på programmet blir å sende platene til laben i Canada for sekvensering, noe vi satser på å få gjort ganske umiddelbart.

Fotografering i lupe av små hoppekreps

Fotografering i lupe av små hoppekreps

Som nevnt tidligere så ble det arbeidet med et variert utvalg av organismegrupper disse tre dagene: Pseudosopp (Pythium), tanglus (Isopoda) og tanglopper (Amphipoda), sommerfugler (Lepidoptera), hoppekreps (Copepoda) og vannlopper (Cladocera), børstemark (Polychaeta), tifotkreps (Decapoda), marine fisk (Pisces) og soppmygg (Mycetophilidae). Ulike organismegrupper krever litt ulike tekniske tilnærminger for DNA-sekvensering gjennom BOLD-systemet.

For de ørsmå hoppekrepsene og vannloppene valgte forsøksvis å gjøre DNA-ekstraksjonen på «hjemmelaben» nede på Marineholmen. Et av kravene til barcodingen vi driver med er at det skal finnes en permanent “voucher” av individet som vevsprøven kommer i fra, og at denne voucheren skal deponeres ved en permanent (museums)samling. Dermed kan voucheren undersøkes igjen dersom behovet skulle oppstå.

For at DNA-strekkoding skal bli vellykket er det kritisk at sammenhengen mellom sekvens og museumsprøve opprettholdes. Deponering av en «voucher» (det vil si individet som DNA ble tatt fra) vil sikre at alle resultater som legges inn i Genbank eller lignende databaserkan sjekkes og korrigeres… (Hvordan utforske artsmangfoldet i havet )

Arbeid på DNAlaben (Foto E. Willassen)

Arbeid på DNAlaben (Foto E. Willassen)

For bittesmå dyr byr det på utfordringer å få nok vev til å kjøre genetiske analyser samtidig som vi bevarer nok av dyret til at det kan brukes som voucher. Vi valgte derfor å teste denne med løsningen med DNA-ekstraksjon lokalt for å forsøke å berge restene av eksoskjelettet (det ytre skjelettet) som blir igjen når de bløte delene av dyret løses av en proteinspisende ekstraksjonsløsning.

En av kandidatene våre; tanglusen Acanthaspidia typhlops

En av kandidatene våre; tanglusen Acanthaspidia typhlops

 

Om en er heldig med denne behandlingen, vil en deretter kunne observere de bygningsmessige artskarakterene på eksoskjelettet i mikroskop-preparater.

For andre grupper kan vevsprøvetakingen være så rett frem som å knekke av en bit av en fot (sommerfugler), eller å ta ut en passende bit muskelvev (fisk og større krepsdyr). For små krepsdyr forsøker vi å plukke føtter, og på børstemark er det enten kroppsvegg, gjeller eller parapodier som brukes. Pseudosoppen bød på sine egne utfordringer, da den vokser på agar i petriskåler – etter å ha konferert med et par eksperter så kom vi frem til en metode som vi tror skal fungere – det gjenstår å se, vi tar det som en test siden det er første brettet i fra denne gruppen.

Nå blir det spennende å se hvilke resultater vi får, forhåpentligvis blir det et fint hopp i telleren på strekkodede arter i fra Norge når disse prøvene blir ferdig analysert.

Universitetsmuseets årbok 2014

Universitetsmuseets årbok 2014

 

Her kan du lese mer om genetisk strekkoding  og NorBOL-prosjektet i Universitetsmuseets Årbok for 2014:

Hvordan utforske artsmangfoldet i havet (pdf)