Monthly Archives: March 2015

Stipendidat på studietur: rapport fra Muséum National d’Histoire Naturelle de Paris

TRO_ParisDe fleste taksonomer drar i fra tid til annen på besøk til andre institusjoner for å studere samlingene der. Trond – en av stipendidatene våre – har tilbrakt uka i Paris, ved ærverdige Muséum National d’Histoire Naturelle de Paris. Han har sendt en liten rapport:

Jeg går igjennom den omfattende samlingen de har av tørre Scaphander skjell, slik at jeg kan identifisere mulige nye arter og undersøke den biogeografiske utbredelsen hos kjente arter. I tillegg måler jeg spennet i skjell-størrelser.

 

Et Scaphander-skjell

Et Scaphander-skjell

Jeg har også lett gjennom våtmateriale fra nyere tokt de har hatt her for å se om det er noe å dissekere eller kjøre DNA på. Det meste av materialet jeg gikk gjennom var fra Stillehavet, men også fra Det Indiske hav og noe nyinnsamlet materiale fra Atlanteren utenfor Fransk Guyana.

Arbeidsplass

Arbeidsplass

Det er enorme mengder med materiale her siden de har hatt to-tre tokt i året og de eldste skjellene så langt ble samlet inn på 70-tallet!

NorBOL-workshop 2015 (del 2)

Vevsprøvetaking
Vevsprøvetaking

 

Da er workshopen omme, og vi sier oss godt fornøyde!

Alle deltakerne gjorde en kjempeinnsats, og seks plater á 95 prøver ble produsert i løpet av et par hektiske dager. Sammen med ferdigstillelsen av noen prøveplater vi hadde «tjuvstartet» på ved UM så har vi nå 9 plater som er klare til innsending, samt et par som er på gang.

Behandling av data i BOLD-databasen

Behandling av data i BOLD-databasen

 

 

 

 

 

 

Vi begynte med et par introduksjonforedrag om metoder og om BOLD-databasen før vi gikk løs på den praktiske biten.

Fotografering av soppmygg med speilreflekskamera

Fotografering av soppmygg med speilreflekskamera

Arbeidet med en plate er ganske omfattende og innebærer alt i fra utvelgelse av ønskede prøver, dokumentering av disse (foto + utfylling av filer), opplasting av data til BOLD, til selve vevsprøvetakingen. (Foreløpig) siste post på programmet blir å sende platene til laben i Canada for sekvensering, noe vi satser på å få gjort ganske umiddelbart.

Fotografering i lupe av små hoppekreps

Fotografering i lupe av små hoppekreps

Som nevnt tidligere så ble det arbeidet med et variert utvalg av organismegrupper disse tre dagene: Pseudosopp (Pythium), tanglus (Isopoda) og tanglopper (Amphipoda), sommerfugler (Lepidoptera), hoppekreps (Copepoda) og vannlopper (Cladocera), børstemark (Polychaeta), tifotkreps (Decapoda), marine fisk (Pisces) og soppmygg (Mycetophilidae). Ulike organismegrupper krever litt ulike tekniske tilnærminger for DNA-sekvensering gjennom BOLD-systemet.

For de ørsmå hoppekrepsene og vannloppene valgte forsøksvis å gjøre DNA-ekstraksjonen på «hjemmelaben» nede på Marineholmen. Et av kravene til barcodingen vi driver med er at det skal finnes en permanent “voucher” av individet som vevsprøven kommer i fra, og at denne voucheren skal deponeres ved en permanent (museums)samling. Dermed kan voucheren undersøkes igjen dersom behovet skulle oppstå.

For at DNA-strekkoding skal bli vellykket er det kritisk at sammenhengen mellom sekvens og museumsprøve opprettholdes. Deponering av en «voucher» (det vil si individet som DNA ble tatt fra) vil sikre at alle resultater som legges inn i Genbank eller lignende databaserkan sjekkes og korrigeres… (Hvordan utforske artsmangfoldet i havet )

Arbeid på DNAlaben (Foto E. Willassen)

Arbeid på DNAlaben (Foto E. Willassen)

For bittesmå dyr byr det på utfordringer å få nok vev til å kjøre genetiske analyser samtidig som vi bevarer nok av dyret til at det kan brukes som voucher. Vi valgte derfor å teste denne med løsningen med DNA-ekstraksjon lokalt for å forsøke å berge restene av eksoskjelettet (det ytre skjelettet) som blir igjen når de bløte delene av dyret løses av en proteinspisende ekstraksjonsløsning.

En av kandidatene våre; tanglusen Acanthaspidia typhlops

En av kandidatene våre; tanglusen Acanthaspidia typhlops

 

Om en er heldig med denne behandlingen, vil en deretter kunne observere de bygningsmessige artskarakterene på eksoskjelettet i mikroskop-preparater.

For andre grupper kan vevsprøvetakingen være så rett frem som å knekke av en bit av en fot (sommerfugler), eller å ta ut en passende bit muskelvev (fisk og større krepsdyr). For små krepsdyr forsøker vi å plukke føtter, og på børstemark er det enten kroppsvegg, gjeller eller parapodier som brukes. Pseudosoppen bød på sine egne utfordringer, da den vokser på agar i petriskåler – etter å ha konferert med et par eksperter så kom vi frem til en metode som vi tror skal fungere – det gjenstår å se, vi tar det som en test siden det er første brettet i fra denne gruppen.

Nå blir det spennende å se hvilke resultater vi får, forhåpentligvis blir det et fint hopp i telleren på strekkodede arter i fra Norge når disse prøvene blir ferdig analysert.

Universitetsmuseets årbok 2014

Universitetsmuseets årbok 2014

 

Her kan du lese mer om genetisk strekkoding  og NorBOL-prosjektet i Universitetsmuseets Årbok for 2014:

Hvordan utforske artsmangfoldet i havet (pdf)

NorBOL-workshop 2015

IMGP0501

En liten lynoppdatering i fra laben – her er det fullt hus med DNA-strekkodende besøkende!

Det arbeides med ganske så ulike grupper; pseudosopp, tanglus og tanglopper, møll og sommerfugler, hoppekreps, børstemark, tifotkreps og soppmygg. Vi kommer tilbake med mer utfyllende informasjon etter hvert, men her er noen glimt i fra livet på laben, med foredrag og arbeid med å klargjøre prøver.

IMGP0513 IMGP0497 IMGP0522

 

Solenogastren Amboherpia heterotecta - en nydelig liten pelsmollusk (Solenogastres). Se på "pelsen"!

Tre år med Artsprosjektet – og mange, mange pelsmollusker

Prosjektet “Aplacophoran mollusk diversity in Norway”, finansert av Artsprosjektet (Artsdatabanken) og gjennomført av Christiane Todt og Elena Gerasimova på evertebratlaben til Universitetsmuseet i Bergen er nå offisielt avsluttet. Vi kan rapportere omtrent 2500 funn av pelsmollusker. Funnene omfatter 25 kjente arter og 36 (!) arter som er nye for vitenskapen.

Scutopus ventrolineatus er en veldig vanlig pelsmollusk, Caudofoveata, med typisk langstrekt kropp. Den blir opp til 3 cm lang.

Scutopus ventrolineatus er en veldig vanlig pelsmollusk, Caudofoveata, med typisk langstrakt kropp.

Pelsmollusker (Aplacophora), er ormelignende bløtdyr som lever i havet. Det finnes to hovedgrupper: Solenogastres (Neomeniomorpha) som stort sett oppholder seg på overflaten av havbunnen og Caudofoveata (Chaetodermomorpha) som graver i sediment. I hele verden er det registrert omtrent 180 arter av Caudofoveata og 300 arter av Solenogastres. Før prosjektstart var det 7 arter av Caudofoveata og 26 arter av Solenogastres kjent i Norge. Nå har antallet av Solenogastres økt til 62 arter!

 

Det norske navnet pelsmollusker viser til de bittesmå kalknålene eller kalkskjellene som dekker dyrene som en pels. De norske artene er vanligvis mellom 0,2 og 10 cm lange. Solenogastres er små jegere og spiser nesledyr eller flerbørstemark, mens Caudofoveata ernærer seg av sediment som inneholder mye organisk materiale og mikroorgansimer. Det er fremdeles mye vi ikke vet om biologien til disse litt ”eksotiske” slektninger til snegl, skjell og blekksprut. På Institutt for Biologi (Universitetet i Bergen) har vi i flere år undersøkt formeringsbiologien til Solenogastres og vår yndlingsart Wirenia argentea ble utnevnt til ”Ukas Art” av Artsprosjektet i 2014.

På Vestlandet finnes pelsmollusken Scutopus ventrolineatus langt fra kysten men også langt inne i fjordene.

På Vestlandet finnes pelsmollusken Scutopus ventrolineatus langt fra kysten men også langt inne i fjordene.

Prosjektet ”Aplacophoran mollusk diversity in Norway” omfattet prøver fra hele Norskekysten, Nordsjøen, Norskehavet, Barentshavet og Svalbard. Materialet kom stor sett fra tidligere oppsamlinger.

De største bidragsytere var Havforskninginstituttets MAREANO-prosjekt, Akvaplan NIVA (Tromsø), Uni Research SAM-Marin (Bergen) og Universitetet i Bergen (museumsmateriale og materiale fra tallrike tokt siden 1980-tallet). Du kan finne noen av artene allerede på ARTSKART. Prøv Wirenia argentea!

 

Arbeidet med å gå gjennom prøvene, identifisere og klassifisere dyrene, lage preparater, fotografere med mikroskop og lage tegninger, samt katalogisere funnene er nå gjort (ja vel, det er litt som utestår), men det vil ta litt mer tid å avslutte det taksonomiske arbeidet: de nye artene må beskrives og dokumenteres for å få gyldige vitenskapelige navn. Slike artsbeskrivelser må publiseres i et av de vitenskapelige tidskriftene som spesialiserer seg på dette. Beleggeksemplar (”typemateriale”) registreres på museet og de må være tilgjengelige for andre forskere som vil studere dyrene og sammenligne de med egne funn. Vi vil også sammenfatte all kunnskap om de norske pelsmolluskarter i en monografi for å gjøre det enklere å artsbestemme disse dyrene.

Wirenia argentea - superstjerne med rosa pels!

Wirenia argentea – superstjerne med rosa pels!

Når det taksonomiske arbeidet er gjort, kommer Universitetsmuseet i Bergen til å ha en av de største samlingene av typemateriale for pelsmollusker i hele verden. Allerede nå inneholder pelsmollusksamlingen i Bergen eksemplarer og preparater av nesten alle arter som finnes i norsk fauna og den er dermed en viktig referansesamling for fremtidig forskning.

 

 Solenogastren Amboherpia heterotecta - en nydelig liten pelsmollusk (Solenogastres). Se på "pelsen"!

Solenogastren Amboherpia heterotecta – en nydelig liten pelsmollusk (Solenogastres). Se på “pelsen”!

 

 

Vi har gått gjennom mange prøver og har funnet mange nye arter. Men det er slett ikke slutten av historien. Hvor mye nytt finnes det igjen, ute på havbunnen, i norske farvann fra sør til nord?

Klikk her for mer om prosjektet

 

 

Posted av Christiane Todt, 5.3.2015